Июнь-апрель 1941-42
В 1941 г. директором института был А. С. Ардемасов. Учебной частью руководил проф. Б. А. Митропольский. Вышло распоряжение правительства об отмене отпусков сотрудников вузов и сокращении каникулярного времени для студентов. Дирекция вуза сделала все возможное, чтобы предоставить нуждающимся работу в институте. Должности лаборантов, препараторов, уборщиц и т. д., освободившиеся ввиду мобилизации или эвакуации сотрудников, по возможности замещались студентами. На 5-м курсе в 1941 г. училось около 69 студентов, на 3-м — 148, на 2-м — 82. В связи со сложной военной обстановкой прием иногородних студентов был прекращен. На 1-й курс было принято 111 человек. Занятия на 2–4-м курсах начались 4 августа 1941 г. с половинным составом студентов. Остальные были заняты на оборонных работах вне города. Зимой 1941-1942 года из Ленинграда эвакуировались Военно-медицинская и Военно-морская академии. Фармацевтический институт продолжал работать. Благодаря мерам, принятым директором института доцентом П.И. Астраханцевым, отапливались два первых и частично третий этажи. в январе 1942 года при институте был организован стационар, в котором удалось спасти жизнь подавляющего большинства студентов и персонала. Условия военного времени требовали от медицинских и фармацевтических вузов конкретных дел. Фронт нуждался в новых антисептических средствах, материалах, лекарствах. На это и направили свою деятельность в фармацевтическом институте. Здесь изучали приготовление минеральной основы для мазей, кровоостанавливающих и заживляющих карандашей, хлористого кальция и натрия, антипаразитарных средств из отечественного растительного сырья. аким образом, научные исследования в институте во время войны не прекращались. За 1941–1942 гг. состоялось 7 заседаний ученого совета, из них два были посвящены защитам кандидатских диссертаций. И только в апреле 1942 г. в связи с обстоятельствами военного времени Коллективы Ленинградского и Днепропетровского фармацевтических институтов постановлением Совнаркома были объединены в Пятигорский фармацевтический институт, т.о. институт был эвакуирован в Пятигорск и «законсервирован» до конца войны.